Premještanje sljedeće generacije sekvenciranje u Klinici

Na slavnom dana (ali s Arctic-poput vjetrova!) ranije ovog tjedna, Sudjelovao sam na simpoziju o iskorištavaju NGS u dijagnostičkom genetike klinici:

Off # Ngs2013 danas u Wolfson College Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Klinički #Dx #dijagnostički #personalisedmed Treba biti dobro

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Ožujak 12, 2013

Predavači su bili liječnici, bioinformatičari i biomedicinskih znanstvenika; Dobar mix. Organizatori dobio off stvari na glatke početka i glavni govor održao je:

Doktor. Anneke Prodavač, Direktor Genetics Laboratories, Oxford NHS povjerenja

“Transformacija gensko testiranje u NHS: primjena nove generacije sekvenciranje u dijagnostici poremećaja mendelovski”

Dr. Prodavač nas je vodio zajedno timeline razvoja genetskog testiranja u Oxfordu regiji NHS, uz napomenu da je njihova glavna metoda bila usmjerena na malim pločama gena upisali bilo Sanger sekvenciranja ili jedan od NGS platformama. Objasnila je kako je dijagnoza od varijanti uzrokuje hipertrofična kardiomiopatija (HCM) je preselio u korištenju denaturing HPLC na analize visoke rezolucije topljenja krivulju, a sada se Haloplex PCR i platforma Illumina MiSeq. Korištenje NGS povećao kliničku osjetljivost ili “dijagnostička prinos” and when combined with control population data, Poboljšana klasifikacija varijanti naći u HCM, što je lakše da ih se definira kao “neklasifikovan” umjesto kao “vjerojatno patogena”.

Oxford Klinička genetika Labs provjeriti varijante pomoću Sanger sekvenciranja, , ali plan da se zaustavi ovo uskoro. Gledajući naprijed, njihov cilj je da koristite sekvencioniranje cijelog exomes povećati stopu uspjeha u pronalaženju uzročne varijante. Dr. Prodavač naglasio potrebu uvođenja bolje bioinformatiku, umjesto da se bore s podacima u Excel proračunske tablice. Napokon, ona je predložila da je bitno da su NHS pretvara kliničku gensko testiranje putem rasprostranjenog uvođenja NGS.

Elliott Margulies, Illumina iz Velike Britanije, govorio je o:

“Cijeli sekvencioniranja genoma i Analize za Kliniku”

Dr. Margulies uveo Illumina slijedu platformu kratko, a zatim je govorio o nekim nedavnim tehničkim dostignućima, uključujući:

• sposobnost da se koristiti manja veličina uzorka kao izvora DNK, e.g. formalinom fiksna parafin vosak ugrađen tkiva
• open-source softver poravnanje i varijanta poziv alat, Isaac
• mijenjati format za slijed varijanti, pozvangVCF.
• alat kako bi se olakšalo lakše filtriranje popisa DNK niza varijanti, uvjetno nazvao iAFT.

Isaac je tvrdio da bi mogli uskladiti i pozvati varijante iz cijelog genom skup u oko 24 h, ako je rad na 12 core računalo sa 64 GB RAM-a.

Varijanta filtriranje alat ima grafičko korisničko sučelje, a izgrađena je na open-source podlogu npr.. Ensembl VEPi koristi podatke iz različitih izvora, uključujući Exome varijanta projekt, a privremeno se zove iAFT. Koristeći ovaj alat smanjuje opseg problema pronalaženja uzročne varijante, ali kad ispituje član publike, Dr. Margulies je naglasio da, u konačnici, zadnja odluka je još uvijek odgovornost liječnik.

Gledajući naprijed, Elliott Margulies predvidjeti klinički “Ekosustav” počevši od uzimanja DNK uzorka pri rođenju, poput tekuće peta-prick uzorkovanja krvi, koristi za cijelo sekvencioniranja genoma, sljedeće se neke pojedince s exome sekvenci i povezan je s elektronički zdravstveni zapis održavati tijekom čitavog života.

Treći zvučnika od jutarnjeg treninga bio Matthew Adis, od Arkivum:

“Upravljanje zadržavanje i pristup podacima genomike”

Mi smo bili prezentirani s nekim ljekovit i zabavne priče o katastrofalnom gubitka podataka, a zatim Matthew Adis objasnio radan i strog pristup koji Arkivum poduzeti kako bi se osiguralo da su njihovi klijenti uvijek imaju sigurnosnu kopiju. Kopije u više mjesta i redovite provjere cjelovitosti podataka su ključni aspekti sustava, uključujući čak i backup zadržao treće strane, deponovan.

U posljednjem razgovoru u jutarnjim satima, Bas Vroling, od Bio-Prodict, govorio je o:

“3DM: Podaci integracija i sljedeće generacije varijanta učinak predviđanja”

Korištenje 3-dimenzionalne protein modele za svakog proteina u superfamily kao polaznu točku, Bio-Prodict su izgradili alat koji se integrira više izvora podataka kako bi se, ili kako oni tvrde, zaključiti funkcionalnu učinak slijed varijanti. Divan aspekt ovog pristupa je da 3-D modeli proteina iz ne-ljudskih bića mogu se koristiti kako bi pokazali učinak varijanti u ljudskom homolog.

Jedan od primjera koji je dao dr. Vroling je od varijanti pronađen u proteinima koji su uključeni u dugim QT sindrom u konja bi se mogla koristiti za predviđanje učinak varijanti u protuvrijednosti ljudskog proteina. Koristeći veliki skup potvrđene varijante nalaze u dugim QT sindrom,Otkrivanje osjetljivost 3DM bio 95% u usporedbi s 65% ~ ostvariti drugom standardnog alata, PolyPhen. Potencijal 3DM alat je jasno, , ali da li se može skalirati do nositi s potpuni skup svih proteina kodiranih u ljudskom genomu ostaje da se vidi.

Ja sam stavio sažetke za poslijepodnevnim razgovora u drugo radno mjesto.