新一代测序移动到诊所

在一个光荣的日子 (但与北极风!) 本周早些时候，, 我参加了一个研讨会上利用NGS的诊断遗传学门诊:

关， # Ngs2013今天在牛津沃尔夫森学院 http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #临床 #DX #诊断 #personalisedmed 应该不错

— 保罗·丹尼 (@ Pauldennyuk) 三月 12, 2013

发言者临床, 生物信息学家和生物医学研究; 一个很好的组合. 主办单位得到的东西顺利启动并发表主题演讲是由:

博士. 安内克卖家, 遗传学实验室主任, 牛津国民保健信托基金

“在NHS转化基因检测: 应用新一代测序孟德尔疾病的诊断”

博士卖家沿时间线的发展，基因检测指导我们在牛津地区NHS, 并指出其主要的方法都集中在小板无论是Sanger测序的基因类型的的NGS平台上的. 她解释说，造成肥厚性心肌病如何诊断的变种 (HCM) 已经从上使用变性高效液相色谱法高分辨率熔解曲线分析，现在到Haloplex PCR和Illumina的MiSeq平台的. 使用NGS提高临床灵敏度或 “诊断率” and when combined with control population data, 改进分类的变种中发现HCM, 使其更容易将其定义为 “未分类” 而不是作为 “可能致病”.

牛津大学临床遗传学实验室确认变量，使用Sanger测序, 但计划尽快停止这种. 展望未来, 他们的目标是使用全exomes测序寻找致病变种，以提高成功率. 卖家医生强调需要引进更好的生物信息学, 在Excel电子表格中的数据，而不是斗争. 最后, 她提出的，但重要的是转化的NHS临床基因检测普遍采用NGS.

埃利奥特·马古利斯, 英国从Illumina公司, 谈到:

“该诊所的全基因组测序和分析。”

博士格丽斯简要介绍了Illumina的测序平台，然后谈到了最近的一些技术的发展，包括:

• 能够使用更小的尺寸样本的DNA的来源, e.g. 福尔马林固定的石蜡包埋组织
• 一个开放源码的软件校准和变异通话工具, 艾萨克
• 修改的文件格式的序列变异, 被称为gVCF.
• 的工具，以便更容易变体的DNA序列的列表过滤, 姑且称之为iAFT.

Isaac是声称能够调整和从全基因组序列数据集的变体，在约 24 小时, 如果它是运行在一个 12 核心的电脑 64 GB RAM.

变体过滤工具有一个图形用户界面，并建立在开放源代码的基础，如. 在Ensembl人类 VEP并使用来自不同数据源的数据, 包括 外显子组的变体项目暂时称为iAFT. 使用此工具可减少规模的问题，寻找致病变种, 但是，当观众的质疑, 博士格丽斯强调，, 在最后的分析, 最后的决定仍是临床医生的责任.

展望未来, 埃利奥特·马古利斯预测的临床 “生态系统” 开始服用的DNA样品在出生, 很像目前的足跟采血取样, 用于全基因组测序, 一些个人外显子组序列与生命维持电子健康记录.

上午的会议是第三位 马修亚的斯亚贝巴, 从 Arkivum:

“管理保留和基因组数据的访问”

我们提出了一些有益和有趣的故事，灾难性的数据损失，然后马修，亚的斯亚贝巴解释的艰苦和严谨的态度，Arkivum，以确保他们的客户总是有一个备份副本. 物理拷贝在多个位置和定期检查数据的完整性是系统的关键方面, 甚至包括一个备份保存的第三方, 在中介服务.

在最后一次谈话的早晨, 低音V​​roling, 从 Bio-Prodict, 谈到:

“3DM: 数据集成和下一代的变体效果的预测”

为每一个蛋白质超家族作为出发点使用3维蛋白模型, 以生物Prodict已经建立了一个工具，它集成了多个数据源, 或因此，他们要求, 推断序列变异的功能作用. 这种做法是令人愉快的方面，非人类蛋白的3-D模型可用于推断变量的效果在人类同源.

一个例子是Vroling医生给发现在长QT综合征在马中所涉及的蛋白质的变体是可以被用来预测在相当于人体蛋白的效果的变种. 使用大集在长QT综合征的验证变种,的检测灵敏度，3DM 95% 相比〜65％，实现的另一个标准工具, PolyPhen. 潜在的的3DM工具是明确的, 但仍有待观察它是否可以按比例增加以应付了一套完整的人类基因组中的所有编码的蛋白质.

我已经把下午的会谈摘要 在另一篇文章.