Pathway análisis de datos de expresión génica – reduce la fertilidad masculina / esterilidad

Un grupo de animales que pueden reproducirse y producir descendencia fértil es una de las definiciones de una especie.

Esto significa que los mecanismos biológicos de la fertilidad y la infertilidad son de interés no sólo para los biólogos evolutivos, sino también para los médicos y por supuesto al público en general. En el Instituto de Genética Molecular en Praga, Prof.. Jiri Forejt está estudiando lo que controla la fertilidad en la descendencia híbrida producida por el apareamiento de ratón subespecies. Quería saber por qué algunos ratones machos eran infértiles - él sabía que los genes en una región del genoma particular eran importantes, pero no como esos genes influido en la expresión del resto del genoma.

Aquí es donde fue reclutado en el equipo, para ayudar en la identificación de las clases de genes alterados en los ratones con fertilidad reducida. Los científicos en su grupo había producido resultados Affymetrix expresión génica de los testículos de fértil, ratones sub-fértiles e infértiles y yo analizamos estos datos en todo el genoma de transcripciones diferencialmente expresados. Uso del Broad Institute maravilloso GSEA herramienta, Evalué la evidencia estadística de que los términos específicos de ontología de genes y vías estaban sobre-representados y también si los genes diferenciales se localizaron en regiones del genoma particulares. Este análisis descubrió pruebas de que determinado, conjuntos de genes funcionalmente relacionados estaban sobre-representados en los datos de expresión y ayudó a desarrollar nuevas hipótesis sobre las causas de la disminución de la fertilidad.