Premikanje Next-Generation sekvenciranje v kliniki

Na slavno dan (vendar z Arktiko, kot so veter!) v začetku tega tedna, Sem se udeležil simpozija o izkorišča NGS v diagnostičnem genetskem kliniki:

Izključeno, # Ngs2013 danes ob Wolfson College Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Klinični #Dx #diagnostiko #personalisedmed Je treba dobro

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Marec 12, 2013

Med govorniki so bili zdravniki, bioinformaticians in biomedicinskih raziskovalci; dobra mešanica. Organizatorji got off stvari za nemoten začetek in slavnostni Pogovor je dal:

Dr. Anneke Prodajalec, Direktor Genetics Laboratories, Oxford NZS

“Preoblikovanje genetsko testiranje pri NZS: Uporaba naslednje generacije zaporedja za diagnozo Mendlove motenj”

Dr prodajalca nas usmerjajo na časovni osi razvoja genetskega testiranja v Oxford regije NZS, ugotavlja, da so bile njihove glavne metode osredotočajo na manjše plošče genov vnesli bodisi Sanger zaporedja ali ene od NGS platform. Razložila je, kako diagnoza variant povzroča hipertrofična kardiomiopatija (HCM) se je preselil iz uporabe denaturacije HPLC na analizi visoke ločljivosti talilne krivulje in sedaj Haloplex PCR in MiSeq platformo Illumina. Uporaba NGS povečal klinično občutljivost ali “diagnostični izkoristek” and when combined with control population data, izboljšano razvrstitev variant najdemo v HCM, lažje jih opredelili kot “nerazvrščena” ne kot “verjetno patogeni”.

Oxford Klinična genetika Labs potrditev variante uporabo Sanger zaporedja, ampak načrt za to kmalu ustavilo. Pogled naprej, Njihov cilj je, da uporabite zaporedja celih exomes za povečanje uspešnosti pri iskanju vzročne variant. Dr Prodajalec poudarili potrebo po uvedbi večje bioinformatiko, namesto da se borijo s podatki v Excel. Končno, je predlagala, da je nujno, da se NZS preoblikovala klinični genetsko testiranje s širjenjem NGS.

Elliott Margulies, Illumina iz Združenega kraljestva, govoril o:

“Cela genoma in analize za klinike”

Dr Margulies predstavil Illumina zaporednimi platformo za kratek čas, nato pa se pogovarjali o nekaterih nedavnih tehnični razvoj, vključno:

• sposobnost uporabe manjše vzorce velikosti kot vir DNK, e.g. formalin-fiksno parafin vgrajeni tkiv
• odprtokodne programske opreme, postavitev in izvedba kliče orodje, Isaac
• spremenjen format za zaporedje variant, imenujemogVCF.
• Orodje za lažje lažje filtriranje seznama variant zaporedja DNK, pogojno imenujemo iAFT.

Isaac je trdil, da bi lahko uskladili in pokličite variante iz zaporedja bazi celotnega genoma v približno 24 ur, če je nameščena na 12 core računalnik z 64 GB RAM.

Orodje za filtriranje varianta ima grafični uporabniški vmesnik in je zgrajena na odprti kodi temeljev, npr. Ensembl VEPin uporablja podatke iz različnih virov, vključno Projekt Exome variantain se začasno imenuje iAFT. Z uporabo tega orodja zmanjšuje obseg težave pri iskanju vzročne variant, ko pa dvomi, ali je gledalec, Dr Margulies je poudaril, da, v končni fazi, zadnja odločitev je vedno odgovoren zdravnik.

Pogled naprej, Elliott Margulies napovedal klinični “ekosistem” začenši z jemanjem vzorca DNK ob rojstvu, podobno kot sedanji vzorčenja heel-kurac krvi, uporablja za celih genoma, spremljanje nekaj posameznikov z exome sekvenc in povezan z elektronskega zdravstvenega zapisa ohranijo vse življenje.

Tretji govornik na dopoldanskem zasedanju je bilo Matthew Adis, od Arkivum:

“Upravljanje hrambe in dostopa genomskih podatkov”

Smo se predstavili z nekaj koristno in zabavno zgodbo o katastrofalne izgube podatkov in nato Matthew Addis pojasnil naporno in strog pristop, ki Arkivum sprejeti za zagotovitev, da njihove stranke imajo vedno varnostno kopijo. Fizični izvodov v več mestih in redne preglede celovitosti podatkov so ključni vidiki sistema, vključno s celo rezervno tretja stranka hraniti, Deponovan.

V zadnjem govorjenju zjutraj, Bas Vroling, od Bio-Prodict, govoril o:

“3DM: Integracija podatkov in naslednje generacije varianta učinek napovedi”

Uporaba 3-dimenzionalni modeli proteina za vsako beljakovin v naddružine katerih izhodišče, Bio-Prodict so zgradili orodje, ki združuje več virov podatkov, da bi, ali tako trdijo, sklepamo funkcionalno učinek zaporedje variant. Prijetna vidik tega pristopa je, da se 3-D modeli proteinov iz ne-ljudeh lahko uporablja za sklepanje učinek variant v humani homolog.

En primer je dr Vroling je bil za varianto najdemo v proteinu, vključenih v daljši QT sindrom pri konjih, ki se lahko uporabi za napovedovanje učinka variant v enakem človeške beljakovine. Uporaba velik nabor preverjenih variant, ugotovljenih v daljši QT sindrom,občutljivost odkrivanja 3DM je 95% v primerjavi s ~ 65 doseže z drugo standardno orodje%, PolyPhen. Potencial 3DM orodja, je jasno,, ampak, ali se lahko povečajo za spopadanje s popolno zbirko vseh proteinov, kodiranih v človeškem genomu še videli.

Sem dal povzetke za popoldanskih pogovorih na drugo delovno mesto.