Klinik içine Nesil Sıralama Hareketli

Muhteşem bir gün (ama Arctic benzeri rüzgarlar ile!) bu hafta başında, Ben tanı genetik klinikte istismar NGS bir sempozyum katıldı:

Off to # Ngs2013 today at Wolfson College Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Clinical #Dx #diagnostic #personalisedmed Should be good

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Mart 12, 2013

Konuşmacılar klinisyenler edildi, bioinformaticians ve biyomedikal araştırmacılar; iyi bir karışım. Organizatörler düzgün bir başlangıç ​​şeyler var ve açılış konuşma tarafından verildi:

Dr. Anneke Satıcı, Genetik Laboratuvarları Müdürü, Oxford NHS güvenir

“NHS genetik test Dönüşümü: Mendel hastalıkların tanısı için sıralama nesil uygulama”

Dr Satıcı Oxford bölgesinde NHS genetik test geliştirme bir zaman çizelgesi boyunca bize rehberlik, kendi ana yöntem küçük Sanger dizi ya tarafından yazılan genlerin panelleri veya NGS platformlarından biri odaklı olduğunu belirterek. O hipertrofik kardiyomiyopati neden nasıl tanı çeşitlerinin açıkladı (HCM) yüksek çözünürlüklü erime eğrisi analizi üzerine denatüre HPLC kullanarak ve şimdi Haloplex PCR ve Illumina MiSeq platformuna taşındı. Kullanarak NGS klinik hassasiyet veya artmış “tanı değeri” and when combined with control population data, türevleri gelişmiş sınıflandırılması HCM bulundu, daha kolay olarak tanımlamak için yapım “sınıflandırılmamış” daha doğrusu daha “muhtemelen patojenik”.

Oxford Klinik Genetik Labs Sanger sıralama kullanarak türevleri doğrulamak, ama planı yakında bu durdurmak için. İleriye baktığımızda, onların hedefi neden olan türevleri bulmakta başarı oranını artırmak için bütün exomes bir sıralama kullanmak olmuştur. Dr Satıcı iyi biyoinformatik tanıtmak gereğini vurguladı, yerine Excel tabloları veri ile mücadele. Son olarak, o NHS NGS yaygın giriş tarafından klinik genetik test dönüştürülmüş gerekli olduğunu öne.

Elliott Margulies, Illumina İngiltere'den, hakkında konuştu:

“Klinik için Genom Dizileme ve Analizleri”

Dr Margulies kısaca Illumina sıralama platformu tanıttı ve daha sonra da dahil olmak üzere bazı yeni teknik gelişmeler hakkında konuştuk:

• DNA kaynağı olarak daha küçük boyutlu örnekleri kullanma yeteneği, e.g. formalin ile fikse parafin doku gömülü
• açık kaynak yazılım uyum ve varyant arama aracı, ISAAC
• dizisi varyantları için modifiye edilmiş bir dosya biçimi, denilengVCF.
• DNA sekans varyantları bir listesini kolay filtreleme kolaylaştırmak için bir araç, geçici IAFT denir.

Isaac hakkında bir bütün-genom dizisi veri kümesinden varyantları hizalamak ve arama yapabilmek olduğu iddia ediliyor 24 saat, bir çalıştırılırsa 12 çekirdekli bilgisayar ile 64 Gb RAM.

Varyant filtreleme aracı bir grafik kullanıcı arayüzü ve açık kaynak temelleri örneğin üzerine inşa edilmiştir. Ensemble'da VEPve çeşitli kaynaklardan verileri kullanır, dahil olmak üzere Exome varyant projesive geçici IAFT denir. Bu aracı kullanarak neden olan çeşitleri bulma sorunun boyutlarını azaltır, ama bir hedef kitle üyesi tarafından sorgulandığı zaman, Dr Margulies vurguladı, son tahlilde, son karar yine de klinisyen sorumluluğundadır.

İleriye baktığımızda, Elliott Margulies, klinik bir tahmin “ekosistem” doğumda bir DNA örneği alarak başlayan, çok geçerli topuk-prick kan örneklemesi gibi, tam genom sekanslama için kullanılan, exome dizileri ile bazı kişilerin takip ve yaşam boyunca sürdürülen bir elektronik sağlık kaydı ile bağlantılı.

Sabah Oturumun üçüncü konuşmacısı oldu Matthew Addis, itibaren Arkivum:

“Yönetim tutma ve genomik veri erişim”

Biz felaket veri kaybı bazı yararlı ve eğlenceli hikayeleri ile sunulan ve daha sonra Matthew Addis Arkivum müşterilerine her zaman bir yedek kopyasını sağlamak için almak özenli ve titiz bir yaklaşım anlatıldı. Veri bütünlüğü üzerinde birden çok yerde ve düzenli kontroller fiziksel kopyaları sistemin kilit yönleri, hatta bir yedek de dahil olmak üzere üçüncü bir kişi tarafından tutulur, emanet.

Sabah son konuşma, Bas Vroling, itibaren Bio-Prodict, hakkında konuştu:

“3DM: Veri entegrasyonu ve yeni nesil varyant etkisi tahminleri”

, Başlangıç ​​noktası olarak bir süper her protein için 3 boyutlu protein modelleri kullanılarak, Bio-Prodict için birden fazla veri kaynakları entegre bir araç inşa, kadar iddia, dizisi varyantlarının fonksiyonel etkisini anlaması. Bu yaklaşımın hoş bir yönü insan olmayan proteinlerin 3-boyutlu modelleri, insan homolog varyantlardır etkisini belirlemek için de kullanılabilir olmasıdır.

Dr Vroling verdiği bir örnek, atlar, uzun-QT sendromu ile ilgili bir proteinde bulunan bir varyantı olan eşdeğer insan protein varyantlarının etkisini tahmin etmek için kullanılabilir. Uzun QT sendromu bulunan valide türevleri büyük bir set kullanarak,3DM tespiti hassasiyeti oldu 95% ile karşılaştırıldığında başka bir standart araç tarafından elde ~ 65%, PolyPhen. 3DM aracı potansiyeli açıktır, ama insan genomunda kodlanan tüm proteinlerin tam bir set ile başa çıkmak için kadar ölçeklendirilebilir olup olmadığını zaman gösterecek.

Ben öğleden sonra görüşmeler için özetleri koyduk başka bir yazı.