Klinik içine Nesil Sıralama Hareketli, bölüm 2

canlı tweets de ilk girişimi #ngs2013 http://t.co/SbWrGx8weI

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Mart 12, 2013

Benim içinde son yazılan, Bu sempozyum ilk dört görüşmeler özetlenebilir:

1st Oxford Atölye ve Sempozyumu, 4inci Techgene Bilgi Ağı Toplantısı,
“NGS2013 Yeni nesil Sıralama: Biyoinformatik ve Veri Analizi”

Ayrıca toplantı Tweets okuyabilir burada. Ama ben sapmak. Öğleden sonraki oturumda Marcel NELEN ile etkileyici başladı, Radboud Üniversitesi Tıp Merkezi, Nijmegen, Hollanda hakkında konuşma:

“Heterojen hastalıklarda exome sıralama klinik yarar.”

Dr NELEN araştırma ve teşhis laboratuvarları arasında güçlü bir işbirliği heterojen genetik hastalıkların tanısında exome sıralama uygulanması yol nasıl tarif. O tanımlamak için multidisipliner bir ekip çalışması önemini vurguladı “paketleri” genlerin hangi katılımı kanıt zihinsel engelli biriyle vardı (Kimlik), miras körlük, kalıtsal sağırlık, hareket bozukluğu veya oksidatif fosforilasyon bozuklukları. Bu hastalıklara neden olabilir genetik varyantların geniş bir çeşitlilik olduğunu Sanger sıralama anlamına gelir, kez altın standart, çok zaman alıcı ve pahalı hale ve daha düşük verir sahiptir “tanı değeri” exome sıralama daha.

Bir tanı ortamda exomes yüksek verimlilik sıralaması uygulama bir kritik yönü hasta ve ailelerinden uygun aydınlatılmış onam kazanıyor. Hastalar ve / veya ebeveynleri tüm exome analizi için bilgilendirilmiş onam verdi. ~ 550 hasta exomes gelen dizisi verileri genel bir açıklama boru hattı girdi ve exome analizi 'bir ya dayalıtekrar'Kimliği için strateji ya da'silicoDiğer hastalıklar için hedefli 'strateji.

Analiz iki aşamalı bir yaklaşıma dayanmaktadır:

1. Bir analizi “paket” patojenik türevleri gerçekleştirmek için son derece olası olarak tanımlanan genler:
   • Sadece bu hastalıkla ilişkili genlerde farklılıkları arama.
   • Patojenik varyantı bulduysanız, son analiz ve rapor.
   • Hiçbir patojen varyantı bulduysanız, İkinci aşamaya geçmek:
2. Tüm exome analizi:
   • Hiçbir patojen varyantı bulduysanız, aday genler belirli bir mutasyon aramak.
   • Bir patojenik varyantı bulundu ve klinik yorumlanması için sağlam kanıt mevcut ise, rapor.
   • Son olarak, önceki analizler başarısız olursa, exome geri kalan araştırmacılar ile işbirliği içinde aranır ve bu "yeni" verileri tutan eğer rapor olabilir.

Dr NELEN tarafından anlatılan bir başarı hikayesi zihinsel engelli bir özel bir durum söz konusu, Hiçbir neden olan varyant başarılı aday genlerin Sanger sıralama ile soruşturma birkaç yıl içinde tespit edilmişti hangi, Bütün exome analizi bir patojenik varyantı belirlenmiştir oysaPACS1 gen.

Olduğu durumlarda “tesadüfi” varyantları tanımlanmıştır, Bu soruşturma kapsamında hastalığa bir ilişki ayı görünür, Bunlara geçti ve tavsiye için uzmanlardan oluşan bağımsız bir ekip tarafından değerlendirilir, önce raporlama.

Bu katmanlı analizi genetik test olarak Hollandalı tıp otoriteleri tarafından sertifika kazanmıştır ve bu nedenle diğer AB ülkeleri için bir model olarak hareket olabilir.

Biz Michael Mueller sonraki haber, NIHR Biyomedikal Araştırma Merkezi, Imperial College London, İngiltere, hakkında:

“Hızlı tam genom dizileme: daha hızlı geri dönüş için biyoinformatik boru hattı optimize.”

Tam genom dizileme kullanarak (WGS) mutasyon belirleme sadece exome ile sınırlı analiz daha güçlü olabilir için. Ancak, tanı laboratuvar geçmeden WGS getirdiği zorlukların işleme ve taşıma verileri büyüktür. Dr Mueller farklı donanım ve yaklaşımlar NGS veri işleme optimize edilebilecek paralel nasıl tarif, bazı önemli gelişmeler sunan. Her aşamada sistematik belirlenmesi darboğazları tarafından, o açıklamalı türevleri üretmek için alınan süresini azaltmak için başardı, bir ~ 30x kapsama tek genom ham Illumina kısa okuma veri ile başlayan, ~ 24 ~ 7 saat. Bu salt eşleme veya varyant arama kalitesinden ödün vermeden elde olduğu ortaya çıktı.

Marcel NELEN bir takip için konuşmak, Kornelia Neveling, Ayrıca Radboud Üniversitesi Tıp Merkezi, Nijmegen, hakkında konuştu:

“Teşhis exome sekanslama için veri analizi”

Dr Neveling Radboud Üniversitesi Tıp Merkezi'nde teknik kurulum anlatarak başladı, sonra numune alma ve kalite kontrol ve son olarak yazılım araçları exome dizisi varyant filtreleme ve analiz yardımcı olmak için. Teşhis laboratuvar üç Life Technologies erişimi vardır 5500 sağlam bir platform kullanarak sequencer ve ayrıca iki Ion Torrent PGM sequencer.

Örnek ve veri işleme kritik bir adım kalite kontrolü (QC) son klinik kararlar sağlam olduğundan emin olmak için; Dr Neveling tarafından özetlenen QC bazı adımlar vardı:

1. Bireylerin ve ilişkilerin Güvenilir belirlenmesi (kardeş / ebeveyn / ilgisiz)
2. Her örnek örn meta doğru kayıt. hangi yazılım sürümü analizi için kullanıldı? Incelemenin yapıldığı tarihte neydi?, vb.
3. Dizi veri çok özel ve hassas örneğin olduğunu. yeterli vermek, Tüm ekzon bile kapsama.
4. Sıra varyant aramalar örneğin biyolojik beklentilerini karşılamak. transversiyonlar geçişler oranı doğal varyasyon yansıtır.

Radboud sıralama teşhis ekibi şimdi yaklaşık bir veritabanı var 1500 bireysel exomes ve bulduk bu konuda tipik bir exome verimleri 40,000 türevleri, bu varyantların ~ 150-200 olmak “özel” Her bir örnek. Dr Neveling bir varyantı filtreleme aracı sundu, Yazılımın anımsatan baktı bir grafik kullanıcı arayüzü ileDaha önce açıklanan Elliot Margulies tarafından ve büyük olasılıkla etyolojik varyant belirlenmesinde yardımcı olmak için kalıtsal spastik parapleji bir durumda seçeneğini kullanarak, kısaca.

Prof. Anthony J Brookes Sempozyumu sona erdi, söz:

“NGS kaynaklı türevleri için patojenite atama”

Prof. Brookes fikirler fizzing edildi, bize gerçekten ne anlama geldiğini düşünmek tahrik “patojenik”. Nadir hastalıklar odaklanarak, Biz patojenite kavramı bir kaygan olduğunu hatırlatıldı, çok yönlü bir. Patojenite çıkarım bazı kombinasyonu anlamına gelebilir:

• Olgu ve kontrol popülasyonlarında alel frekansları bilerek
• Bir varyant olarak patojenik diğerleri tarafından tarif edilmiştir olmadığını
• Bir varyant varsayılmaktadır veri bulunmamasına (bazen yanlış) özellikle oluşur “normal” ; mesela türevleri. dbSNP
• bir türevi bir safkan hastalık ile birlikte ayıran olsun
• tahmin ne (ya da bilinen) Bir varyant etkisi protein yapısı verildi
• tahminler silico Bu PolyPhen veya elemek gibi araçlardan
• fonksiyonel deneyleri, insan canlı hücrelerde gerçekleştirilen
• Model organizmalar yapılan fonksiyonel veya fenotipik testler örneğin. fare mutantlar

Biz patojenite tanımladığınız şekilde incelik bir seviye iki bağlamlarda düsünebilirz:

1. vardır bir türevi 'neden’ Özel bir hasta ya da aile içinde bir fenotip (ki ilişkindir anlatımcılık)?
2. kutu bir türevi çünkü’ bir popülasyonda bir fenotip (penetranslı)?

Prof. Brookes bir türevi klinik actionability patojenite bir birleşimi olarak düşünülebilir gerektiğini savundu, penetranslı ve anlatımcılık. O çok az genotip ve fenotip arasındaki ilişki hakkında ve bu köprü ve patojenik çeşitlerini tanımak yeteneğimizi geliştirmek için bir dizi gelişme ihtiyacı olduğu bilinmektedir işaret etmek gitti. Özellikle, o bir aracı veritabanı sistemi klinik veritabanları ile bu dbSNP veya Ensemble'da gibi birincil kaynaklar birbirine bağlamak için gerekli olduğunu savundu, gizlilik ödün vermeden veri paylaşımını kolaylaştırmak için. Bu veritabanı 'ekosistem birleştiren’ Yüksek veri kaliteli elektronik sağlık kayıtları ile genotip-fenotip ilişkisinin anlayışımızı geliştirmek gerekir.

Sempozyum NGS neden olan varyasyonların belirlenmesi tanı genetik laboratuarlarında alınır ve başarı oranını artırmak için kullanılıyor edildiği şekilde iyi bir bakış verdi. Sırayla, Bu teknolojik gelişme tedaviler veya tedavi daha iyi bilinçli bir seçim yol açacaktır. Bu bir yıl içinde ilerlemiştir ne kadar görmek ilginç olacak, bir takip toplantı planlandığında.

Herkes görüşmek için temasa geçmek istiyorsanız, Benim özetleri düzeltmek veya güncellemek, Bir Yorum yazmak için lütfen, altında, ya da bana bir tweet göndermek:

Tweet to @pauldennyuk