Stěhování příští generace sekvenování na Kliniku

Na slavný den (ale s Arctic-jako větry!) tento týden, Jsem se zúčastnil sympozia na využití NGS v diagnostické genetiky kliniky:

Off # Ngs2013 dnes v Wolfson College Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Klinický #Dx #diagnostický #personalisedmed By měla být dobrá

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Březen 12, 2013

Mezi řečníky byli lékaři, bioinformaticians a biomedicínské výzkumné; dobrý mix. Organizátoři se dostal věci se na hladký start a keynote přednáška byla dána:

Dr. Anneke Prodávající, Ředitel genetiky laboratoře, Oxford NHS věří

“Transformace genetické testování v NHS: aplikace další generace sekvenování k diagnóze poruch Mendelian”

Dr. Prodávající nás vedl podél časové osy vývoje genetického testování v Oxford regionu NHS, poznamenat, že jejich hlavní metody byly zaměřeny na malé panely genů zadali buď Sanger sekvenování nebo některého z NGS platformy. Vysvětlila, jak diagnóza z variant působit hypertrofické kardiomyopatie (HCM) přestěhovala z použití denaturační HPLC na vysokým rozlišením analýzy křivky tání a nyní Haloplex PCR a Illumina MiSeq platformě. Použití NGS zvýšení klinické citlivosti a “diagnostická výtěžnost” and when combined with control population data, lepší klasifikace variant najdete v HCM, takže je snazší definovat jako “nezařazené” spíše než jako “pravděpodobně patogenní”.

Oxford Klinická genetika Labs ověřit varianty pomocí Sanger řazení, ale v plánu zastavit brzy. Při pohledu do budoucna, Jejich cílem bylo využít sekvenční celých exomes ke zvýšení úspěšnosti při hledání příčinných varianty. Dr. Prodávající zdůraznila potřebu zavést lepší bioinformatiku, spíše než bojovat s daty v Excelu. Konečně, se navrhuje, že je nezbytné, aby se změnil NHS klinické genetické testování rozšířeným zavedením NGS.

Elliott Margulies, od Illumina UK, hovořil o:

“Celá sekvenování genomu a analýz pro kliniky”

Dr. Margulies představil Illumina sekvencování platformu jen krátce a poté hovořil o některých nedávných technického vývoje, včetně:

• schopnost používat menší velikosti vzorků jako zdroj DNA, e.g. formalínu fixované parafín vložený tkáním
• open-source software vyrovnání a varianta volání nástroj, Isaac
• upravený formát pro sekvenčních variant, tzv.gVCF.
• nástroj, aby se usnadnilo filtrování seznamu variant sekvence DNA, pokusně volal iAFT.

Isaac je prohlašoval, že je schopen sladit a zavolat varianty z celého genomu v datovém souboru o 24 hodin, pokud je provozována na 12 Jádro počítač s 64 GB RAM.

Varianta filtrování nástroj má grafické uživatelské rozhraní a je postaven na open-source základů, např.. Ensembl VEPa využívá data z různých zdrojů, včetně Exome varianta projektua je prozatímně nazvaný iAFT. Pomocí tohoto nástroje se snižuje rozsah problému hledání příčinných varianty, ale když vyslýchal divák, Dr Margulies zdůraznil, že, v konečném důsledku, poslední rozhodnutí je stále odpovědností lékař.

Při pohledu do budoucna, Elliott Margulies předpovídal klinické “ekosystém” počínaje přičemž vzorek DNA při narození, podobně jako nynější paty píchnutí odběru krve, používá pro celé sekvenování genomu, po nějaké osoby s exome sekvencí a souvisí s elektronického zdravotního záznamu vedeného v průběhu celého života.

Třetím řečníkem dopoledního bloku bylo Matthew Addis, z Arkivum:

“Správa uchovávání a přístup genomických dat”

Jsme byly prezentovány s některými blahodárný a zábavné příběhy o katastrofické ztráty dat a Matthew Addis vysvětlil mravenčí a důsledné přístup, který Arkivum přijmout, aby zajistily, že jejich klienti vždy máte záložní kopii. Fyzikální kopie na různých místech a pravidelných kontrol integrity dat jsou klíčovými aspekty systému, včetně i zálohu vedeném třetí stranou, v úschově.

V poslední řeči v dopoledních hodinách, Bas Vroling, z Bio-Prodict, hovořil o:

“3DM: Integrace dat a nové generace předpovědi varianta efekt”

Použití 3-dimenzionální protein modely pro každý protein v nadčeledi jako výchozí bod, Bio-Prodict vybudovali nástroj, který integruje více zdrojů dat, aby bylo možné, nebo tak tvrdí, odvodit funkční účinek sekvenčních variant. Lahodný aspektem tohoto přístupu je to, že 3-D modely bílkovin z ne-lidí mohou být použity k odvození účinek variant v lidském homolog.

Jedním z příkladů, které Dr Vroling dostal, varianty nalezené v protein nezbytný pro dlouholetou QT intervalu u koní, by mohly být použity k predikci vlivu variant v odpovídající lidský protein. Pomocí velký soubor ověřených variant nalezených v dlouhodobém syndromem dlouhého QT,citlivost detekce 3DM byla 95% ve srovnání s ~ 65% dosaženo jiným standardním nástrojem, PolyPhen. Potenciál 3DM nástroje je zřejmé,, ale zda to může být zmenšen až vypořádat s kompletní sadou všech proteinů kódovaných v lidském genomu se teprve uvidí.

Já jsem dal shrnutí na odpolední jednání v jiném příspěvku.