Mover secuenciación de próxima generación en la Clínica

En un día glorioso (pero con el Ártico, como los vientos!) esta semana, Yo asistí a un simposio sobre NGS explotan en el diagnóstico clínica de genética:

Apagado para # Ngs2013 hoy a Wolfson College de Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Clínico #Dx #diagnóstico #personalisedmed Debe ser bueno

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Marzo 12, 2013

Los ponentes fueron los médicos, bioinformáticos e investigadores biomédicos; una buena mezcla. Los organizadores dieron las cosas para un arranque suave y el discurso principal estuvo a cargo:

Dr. Anneke Vendedor, Directora de los Laboratorios de Genética, Oxford NHS

“La transformación de las pruebas genéticas en el NHS: la aplicación de la siguiente generación de secuenciación para el diagnóstico de trastornos mendelianos”

Vendedor Dr nos guió a lo largo de una línea de tiempo del desarrollo de pruebas genéticas en el NHS Oxford región, señalando que sus métodos principales se centraron en pequeños paneles de genes escritos por cualquiera de secuenciación de Sanger o una de las plataformas de NGS. Explicó que el diagnóstico de las variantes que causa la miocardiopatía hipertrófica (HCM) ha pasado de desnaturalización mediante HPLC en el análisis de alta resolución de la curva de fusión y ahora a Haloplex PCR y la plataforma Illumina MiSeq. NGS utilizando aumento de la sensibilidad clínica o “rendimiento diagnóstico” and when combined with control population data, mejor clasificación de las variantes se encuentran en HCM, haciendo más fácil para definirlas como “sin clasificar” en lugar de como “patógeno probable”.

El Oxford Clinical Labs Genética validar variantes usando secuenciación de Sanger, pero el plan para poner fin a esta breve. De cara al futuro, su objetivo era utilizar la secuencia de exomes enteros para aumentar la tasa de éxito en la búsqueda de variantes causales. Vendedor Dr hizo hincapié en la necesidad de introducir mejor la bioinformática, en vez de luchar con los datos en hojas de cálculo de Excel. Finalmente, propuso que era fundamental que el SNS transformado prueba genética clínica por la introducción generalizada de NGS.

Elliott Margulies, de Illumina Reino Unido, habló sobre:

“La secuenciación completa del genoma y análisis de la Clínica”

El Dr. Margulies presentó la plataforma de secuenciación de Illumina brevemente y luego habló sobre algunos acontecimientos recientes técnicas, incluidas las:

• la capacidad de utilizar muestras más pequeñas de tamaño como fuentes de ADN, v.g.. fijado con formalina cera de parafina tejidos embebidos
• un software de código abierto y una herramienta de alineación llamada variante, Isaac
• un archivo de formato modificado para variantes de secuencia, llamadogVCF.
• una herramienta para facilitar la fácil filtración de una lista de variantes de secuencias de ADN, denominado provisionalmente IAFT.

Isaac se afirma que es capaz de alinear y llamar a las variantes de un conjunto de secuencias del genoma completo en aproximadamente 24 h, si se ejecuta en un 12 núcleo del ordenador con 64 Gb RAM.

La herramienta de filtrado variante tiene una interfaz gráfica de usuario y se basa por ejemplo, bases de código abierto. la Ensembl VEPy utiliza los datos procedentes de diversas fuentes, incluyendo el Exoma proyecto variantey ha sido provisionalmente llamado IAFT. Usando esta herramienta reduce la magnitud del problema de encontrar variantes causales, pero al ser interrogado por un miembro del público, Dr. Margulies hizo hincapié en que, en el análisis final, la última decisión sigue siendo la responsabilidad del médico,.

De cara al futuro, Margulies Elliott predijo una clínica “ecosistema” comenzando con la toma de una muestra de ADN al nacer, al igual que la muestra de sangre del talón actual, utilizado para la secuenciación de todo el genoma, el seguimiento de algunos individuos con secuencias exoma y vinculado con una historia clínica electrónica mantiene durante toda la vida.

El tercer orador de la sesión de la mañana fue Mateo Addis, de Arkivum:

“Gestión de retención y el acceso de datos genómicos”

Nos obsequiaron con algunos cuentos saludables y entretenidas de la pérdida de datos catastrófica y luego Mateo Addis explicó el enfoque minucioso y riguroso que Arkivum tomar para asegurarse de que sus clientes tienen siempre una copia de seguridad. Copias físicas en múltiples ubicaciones y control periódico de integridad de los datos, son aspectos claves en el sistema de, incluyendo incluso una copia de seguridad guardada por un tercero, en plica.

En la última charla de la mañana, Bajo Vroling, de Bio-Prodict, habló sobre:

“3DM: Integración de datos y la próxima generación de predicciones efecto variantes”

Usando 3-dimensionales modelos de proteínas para cada proteína en una superfamilia como punto de partida, Bio-Prodict han construido una herramienta que integra múltiples fuentes de datos a fin, o eso dicen, inferir el efecto funcional de las variantes de secuencia. El aspecto agradable de este enfoque es que los modelos 3-D de las proteínas de los no humanos pueden ser utilizados para inferir el efecto de variantes en el homólogo humano.

Un ejemplo de que el Dr. Vroling dio fue de una variante encontrada en una proteína implicada en síndrome de QT largo en caballos podría ser usado para predecir el efecto de variantes de la proteína humana equivalente. El uso de un gran conjunto de variantes validados encontrados en síndrome de QT largo,la sensibilidad de detección de 3DM era 95% en comparación con el ~ 65% alcanzado por otra herramienta estándar, PolyPhen. El potencial de la herramienta 3DM es clara, pero si puede ser adaptada para hacer frente a un conjunto completo de todas las proteínas codificadas en el genoma humano por verse.

He puesto los resúmenes de las conversaciones de la tarde en otro post.