Movendo sequenciamento de última geração para a Clínica

Em um dia glorioso (mas com Arctic-como ventos!) no início desta semana, Eu participei de um simpósio sobre NGS exploradoras no diagnóstico de genética clínica:

Desligado para # Ngs2013 hoje no Wolfson College Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Clínico #Dx #diagnóstico #personalisedmed Deve ser bom

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Março 12, 2013

Os palestrantes foram os médicos, bioinformatas e pesquisadores biomédicos; uma boa mistura. Os organizadores tem coisas fora de um arranque suave e da palestra de abertura foi dada pela:

Dr.. Vendedor Anneke, Diretor de laboratórios de genética, Oxford SNS confia

“Transformar o teste genético no SNS: a aplicação da próxima geração de sequenciação para o diagnóstico de desordens Mendelian”

Vendedor Dr. nos guiou ao longo de uma linha do tempo do desenvolvimento do teste genético na região de Oxford NHS, notar que os métodos principais foram concentrados em pequenos painéis de genes ou digitadas por Sanger de sequenciação ou de uma das plataformas de NGS. Ela explicou como o diagnóstico das variantes causando cardiomiopatia hipertrófica (HCM) passou de desnaturação por HPLC em alta resolução análise da curva de fusão e agora para Haloplex PCR ea Illumina plataforma MiSeq. NGS usando aumento da sensibilidade clínica ou “rendimento diagnóstico” and when combined with control population data, classificação melhorada de variantes encontradas na CMH, tornando mais fácil defini-los como “não classificada” e não como “patogênico provável”.

O Oxford Genética Clínica Labs validar variantes usando seqüenciamento Sanger, mas pretende parar tão cedo. Olhando para o futuro, o seu objectivo era utilizar sequenciação de exomes inteiros para aumentar a taxa de sucesso na procura de variantes causais. Vendedor Dr. enfatizou a necessidade de introduzir melhor bioinformática, em vez de lutar com os dados em planilhas do Excel. Finalmente, propôs que era essencial que o SNS transformou teste genético clínico pela introdução generalizada da NGS.

Elliott Margulies, da Illumina Reino Unido, falou sobre:

“Sequenciamento do genoma inteiro e Análise para a Clínica”

Dr. Margulies introduziu a plataforma de sequenciamento Illumina brevemente e, em seguida, falou sobre alguns desenvolvimentos recentes técnicas, incluindo:

• a capacidade de utilizar amostras de menor dimensão, como fontes de DNA, P.ex.. fixadas em formalina e cera de parafina incorporado tecidos
• um alinhamento de software open-source e uma ferramenta chamada variante, Isaac
• um formato de arquivo modificado para variações da seqüência, chamadogVCF.
• uma ferramenta para facilitar a filtragem mais fáceis de uma lista de variantes de sequências de ADN, provisoriamente chamado IAFT.

Isaac é reivindicada a ser capaz de alinhar e chamar variantes de um conjunto de seqüência do genoma inteiro em cerca de 24 horas, se for executado em um 12 computador com núcleo 64 Gb de RAM.

A ferramenta de filtragem variante tem uma interface gráfica do usuário e é construído em cima de código aberto, por exemplo bases. o Ensembl VEPe usa dados de várias fontes, incluindo o Exome projeto variantee é provisoriamente chamado IAFT. Usando esta ferramenta reduz a dimensão do problema de encontrar variantes causais, mas quando questionado por um membro do público, Margulies Dr enfatizado que, em última análise,, a última decisão ainda é da responsabilidade do clínico.

Olhando para o futuro, Margulies Elliott previu uma clínica “ecossistema” começando com a tomada de uma amostra de DNA no nascimento, bem como a coleta de sangue atual calcanhar-prick, utilizado para sequenciação do genoma inteiro, seguindo-se alguns indivíduos com seqüências exome e ligado a um registro eletrônico de saúde mantido por toda a vida.

O terceiro orador da sessão da manhã foi Mateus Addis, de Arkivum:

“Retenção de gestão e acesso de dados genômicos”

Fomos apresentados com alguns contos salutares e divertidas de perda catastrófica de dados e, em seguida, Mateus Addis explicou a abordagem cuidadosa e rigorosa que Arkivum tomar para garantir que seus clientes têm sempre uma cópia de segurança. Cópias físicas em vários locais e verificações regulares sobre a integridade dos dados são aspectos fundamentais para o sistema, incluindo até mesmo uma cópia de segurança mantido por terceiros, em juízo.

Na última conversa da manhã, Baixo Vroling, de Bio-Prodict, falou sobre:

“3DM: Integração de dados e de próxima geração previsões efeito variantes”

Usando modelos 3-dimensional da proteína para cada proteína uma superfamília como ponto de partida, Bio-Prodict ter construído uma ferramenta que integra múltiplas fontes de dados, a fim de, Ou então eles reclamam, inferir o efeito funcional de variantes de sequência. O aspecto agradável desta abordagem é a de que os modelos em 3-D de proteínas de não-humanos podem ser usados ​​para inferir o efeito das variações no homólogo humano.

Um exemplo que Dr Vroling deu foi de uma variante encontrada em uma proteína envolvida na síndrome de QT longo em equinos podem ser utilizados para prever o efeito de variações na proteína equivalente humana. Usando um conjunto grande de variantes validados encontrados em síndrome de QT longo,a sensibilidade de detecção de 3DM era 95% comparado com ~ 65% obtido por uma outra ferramenta padrão, PolyPhen. O potencial da ferramenta 3DM é claro, mas se ela pode ser dimensionada para fazer face a um conjunto completo de todas as proteínas codificadas no genoma humano continua a ser visto.

I’ve put summaries for the afternoon talks in another post.