Cesta analýza dat genové exprese – samec snížená fertilita / neplodnost

Skupina zvířat, která mohou množit a produkovat úrodná potomstva je jedním z definice druhu.

To znamená, že biologické mechanismy plodnosti a neplodnosti jsou zajímavé nejen pro evoluční biologové, ale také pro lékaře a samozřejmě pro širokou veřejnost. Na Ústavu molekulární genetiky v Praze, Prof. Jiří Forejt studuje, co řídí plodnost v hybridním potomků vyrobené páření myši sub-species. Chtěl vědět, proč někteří muži myši byly neplodné - věděl, že geny v jednom konkrétním genomu regionu byly důležité, ale, jak tyto geny ovlivněny výraz zbytku genomu.

To je místo, kde jsem byl přijat do týmu, na pomoc s identifikací třídy genů narušené u myší se sníženou plodností. Vědci v jeho skupině se vyrábí Affymetrix výsledky genové exprese z varlat na úrodnou, sub-plodné a neplodné myši a já základě analýzy těchto údajů celogenomových pro diferenciálně-vyjádřené transkriptů. Použití Broad institutu úžasný GSEA nástroj, I hodnoceny statistické důkazy, že specifické požadavky Gene Ontology a cesty byly nadměrně zastoupeny, a také zda diferenciální geny byly lokalizovány na jednotlivých genomových oblastí. Tato analýza odhalila důkaz, že zvláštní, funkčně související sady genů byly zastoupeni v nadměrném výrazu údajů a přispěla k rozvoji nových hypotéz o příčinách snížené plodnosti.