Kai kurie iš mūsų genuose trūksta…tačiau kurie iš jų?

Galima galvoti apie genai ir įvairiais būdais:

1. Tuo DNR lygio – tiesiog kaip tiesinė seka nukleotidų, vienoje fiksuotoje tvarka, į “normalus” valstybės, arba
2. Vėlgi, kaip DNR molekulės, tačiau nepamirškite, kad organizmų genus, o ne vienetų DNR mėgintuvėlyje, gali keistis skirtingų asmenų, arba
3. Trečias būdas yra metaforiškai nutolinti ir galvoti apie genus nuo atsižvelgiant į viso organizmo taško ir variacijos šių genų keliančių skirtumų fenotipų.Variacijos fenotipo yra kolektyvo Darvinas, žaliava, kurią natūralioji atranka veikia.

Parašiau anksčiau apie mažas pelės (žargono vardas – Del(13)36H) , kuris turėjo prarastas kai ji yra genai ir kad šis nuostolis buvo susijęs su gana sudėtinga fenotipas, aprašyta mūsų popieriaus ir panašus kai kuriais aspektais į žmonės kad taip pat turėjo prarastas riekė genai.

Kai mes pirmą kartą studijavo šį pelę, vieną iš mūsų sunkino buvo ta, kad mes žinojo, tik apie mažai iš genai kad buvo ištrintas – mes buvome ankstyvosiose stadijose genomo sekos revoliucijos, kai tik bitai pele (ir žmogaus) genomai buvo sekos ir genai apibudino. Tai buvo svarbu, nes mes norėjome, kad būtų galima kirsti palyginti pelės ir žmogaus fenotipų ir norint tai padaryti, mums reikia žinoti, ar genai prarastas pelė turėjo ekvivalentai į žmonės ir atvirkščiai.

Taip, iššūkis susidūrėme buvo rasti tiems trūkstamas genai. Nebuvo vyksta filosofijos ir techninis argumentas apie geriausias būdas rasti genus, DNR sekos, kuris gali būti padalintas į dvi stovyklas – kad mapperiais ir improvisers. Į mapperiais paėmė pirmame žemėlapyje, Seka Vėliau požiūris ir improvisers pirmenybę į seka Pirmas, Žemėlapis patikrinti seka Vėliau.

Mes pateko į pirmą stovyklą – todėl mūsų pirmasis darbas buvo sukurti visame regione žemėlapį ištrintas mūsų mažoje pele. Bet kaip jums sukurti žemėlapį “nematomas” kraštovaizdis?

Akivaizdžiai, klausia, kas yra pateikti į normalus pelėms ir nėra mūsų maži pelių – tai dar sunkiau, nes pelės, kurios buvo paveldėtas ištrintus chromosomas iš abiejų tėvai neišgyvena daug daugiau nei implantacijos. Mes turėjome sukurti žemėlapiai naudojant peles, kad arba turėjo vieną ar du egzempliorius atitinkamų genų, o ne paprastesnes padėtis dviem egzemplioriais arba nė vieno. Jis gali ateiti, kaip nenuostabu, kad tai yra sunkiau atsakyti į klausimą, – mes turime vienas arba du o ne du arba nė vienas? Vis dėlto, mes sukūrėme žemėlapį, ir nepaisant to, ką parašiau aukščiau, mes Nuoseklaus dalys žemėlapyje kaip mes nuėjome kartu, o ne laukti, kol mes turėjome visą kontūrus kraštovaizdžio nustatyta. Taip, mes kartografavimo dalių kraštovaizdžio ir kai mes buvome įsitikinę, tos dalies, siųsti jį išjungti sekos. Kai tik DNR sekos buvo grąžinta, the genai palaidotas seka buvo atviras ir lėtai, a visiškas genų žemėlapis buvo sujungiamos. Mes nuolat stebimi automatizuotą geną “anotacijos” su rankiniu tikrinimo ir klaidų tikrinimas, kuris tikėjome tiekė Gold Standard genų žemėlapį.

Taigi, ką gi mes rasti?

Gerai, paaiškėjo, kad 236 genai buvo ištrinti mūsų mažoje pele, plius taip pat 95 “pseudogenes” – genai su neaiškiu funkcijų – arba jie yra nereikšminga gyvenamasis pele bet galbūt veikti kaip žaliava, skirta evoliucinės atrankos Arba jie gali reglamentuoti kitus genus? Genų, kad galėtume pripažinti, viena iš labiausiai pastebimų dalykų buvo tai, kad ten buvo keletas grupių genų kurie parodė aukštą panašumo vienas kitam – jie priklausė genų šeimos. Kai mes palyginti šių genų šeimų jų žmogaus ekvivalentų, Pagrindinis staigmena buvo tai, kad dydis iš šeima gali būti labai skiriasi. Viena šeima iš trijų genų kodavimo baltymų, dalyvaujančių perjungimo kitų genų įjungimas ir išjungimas (genų reguliavimas) buvo beveik identiškas į pelė ir žmogaus – o kita šeima, priėmimo baltymai kad bendrauti su feromonai dalyvauja mate pasirinkimas, buvo penkis kartus didesnis skaičius pelių negu žmonių. Iš tikrųjų, žmogaus feromonų sąveikos genai atsirado nefunkciniai; jie buvo “pseudogenes”. Galbūt turėtume būti ne taip stebina tai, kai mes galvojame apie į poravimosi elgsenos skirtumus pelėse ir žmonėse…

Bendra tema, kuri atsirado yra poliarizacija – ištrinti regionas yra genai kad yra labai panaši į žmogaus genų ir kiti kad gali ne turi funkcinis žmogaus ekvivalentai. Bet tikrai prasmės genų pašalintų mūsų mažoje pele sąrašą ir tai reikšmė žmogaus fenotipų ar patologija, turime suprasti kas tie genai iš tikrųjų?

Ir tai yra kitą dieną istorija. Tweet to @pauldennyuk