Przeprowadzka sekwencjonowaniu nowej generacji do kliniki

Na wspaniały dzień (ale z wiatrem Arctic-jak!) wcześniej w tym tygodniu, Brałem udział w sympozjum na temat NGS eksploatujących w klinice genetyki diagnostycznej:

Off to # Ngs2013 today at Wolfson College Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Clinical #Dx #diagnostic #personalisedmed Should be good

— Paul Denny (@pauldennyuk) Marzec 12, 2013

Prelegentami byli lekarze, bioinformaticians i biomedycznych naukowców; dobry mix. Organizatorzy dostaje się rzeczy do sprawnego rozpoczęcia i rozmowa została przyznana przez keynote:

Dr. Sprzedawca Anneke, Dyrektor Laboratorium Genetyki, Oxford NHS ufa

“Przekształcenie badań genetycznych w NHS: Zastosowanie nowej generacji sekwencjonowania z diagnozą zaburzeń Mendla”

Sprzedawca Dr oprowadził nas wzdłuż osi czasu rozwoju testów genetycznych w Oxford regionie NHS, zauważając, że ich główne metody skupiały się na małych paneli genów wpisanych przez każdą Sanger sekwencjonowania lub jedną z platform NGS. Wyjaśniła, jak diagnoza wariantów powoduje kardiomiopatię przerostową (HCM) przeniósł się z zastosowaniem HPLC denaturacji na wysokiej rozdzielczości analizy krzywej topnienia, a teraz do Haloplex PCR i Illumina platformy MiSeq. NGS Korzystanie zwiększona wrażliwość lub klinicznej “diagnostyczna” and when combined with control population data, ulepszona klasyfikacja wariantów znaleźć w HCM, ułatwiając ich zdefiniowanie jako “niesklasyfikowana” a nie jako “prawdopodobnie chorobotwórcze”.

Oxford Genetyka kliniczna Labs potwierdzić warianty używając Sanger sekwencjonowanie, ale plan zatrzymać to tylko. Patrząc w przyszłość, ich celem było wykorzystanie sekwencjonowanie całych exomes zwiększyć wskaźnik sukcesu w poszukiwaniu wariantów sprawczych. Sprzedawca Dr podkreślił potrzebę wprowadzenia lepszego bioinformatyki, zamiast walczyć z danych w arkuszach kalkulacyjnych programu Excel. Wreszcie, zaproponowała, że ​​to ważne, by NHS zwerbowany klinicznych badań genetycznych przez powszechne wprowadzenie NGS.

Elliott Margulies, z Illumina Wielkiej Brytanii, mówił o:

“Cała Sekwencjonowanie genomu i analizy dla Kliniki”

Dr Margulies przedstawił Illumina platformę sekwencjonowania krótko, a następnie mówił o niektórych ostatnich zmian technicznych, w tym:

• możliwość użycia mniejszych rozmiarów próbek jako źródło DNA, e.g. utrwalone w formalinie tkanek osadzony parafiny
• open-source oprogramowanie i narzędzia zdecydował wariant calling, Isaac
• zmodyfikowany format pliku dla wariantów sekwencji, nazywanegVCF.
• narzędzie ułatwiające łatwiejsze filtrowanie listy wariantów sekwencji DNA, roboczo nazywa iAFT.

Isaac jest uważana w stanie wyrównać i nazywają odmiany z całego genomu sekwencji w zbiorze danych o 24 godzin, jeśli zostanie uruchomiona na 12 Rdzeń z komputera 64 Gb RAM.

Wariant narzędzie filtrowania ma graficzny interfejs użytkownika i jest zbudowana na open-source podstaw, np.. Ensembl VEPi wykorzystuje dane z różnych źródeł, w tym Projekt wariant egzomemi tymczasowo nazywany iAFT. Za pomocą tego narzędzia zmniejsza skalę problemu znalezienia warianty sprawczych, ale zapytana przez członka widowni, Podkreślił, że dr Margulies, W końcowej analizie, ostatnia decyzja jest nadal obowiązkiem klinicysty.

Patrząc w przyszłość, Margulies Elliott przewidział klinicznych “Ekosystem” zaczynające się na pobranie próbki DNA przy urodzeniu, podobnie jak obecnego heel-kutas pobierania krwi, wykorzystywane do sekwencjonowania całego genomu, po up niektóre osoby z egzomem sekwencji i związane z elektronicznym rekordem zdrowotnej prowadzonego przez całe życie.

Trzecim prelegentem z porannej sesji był Matthew Addis, z Arkivum:

“Zarządzanie retencji i dostępu danych genomiki”

Przedstawiono z niektórych pożytecznych i zabawne opowieści o katastrofalnej utraty danych, a następnie Matthew Addis wyjaśniono żmudny i rygorystyczne podejście Arkivum podjąć, aby zapewnić, że ich klienci zawsze mają kopii zapasowej. Fizyczne kopie w różnych miejscach i systematyczne kontrole na integralność danych to kluczowe aspekty systemu, w tym nawet kopii zapasowej przechowywane przez stronę trzecią,, w depozycie.

W ostatniej rozmowie z rana, Bas Vroling, z Bio-Prodict, mówił o:

“3DM: Integracja danych i prognozy nowej generacji efekt wariant”

Stosując 3-wymiarowych modeli białka dla każdego białka z nadrodziny za punkt wyjścia, Bio-Prodict stworzyliśmy narzędzie, które integruje wiele źródeł danych, w celu, lub tak twierdzą, wywnioskować efektu funkcjonalnego wariantów sekwencji. Wspaniałe aspektem tego podejścia jest to, że 3-D modele białek z nie-ludzi można wnioskować efekt wariantów w ludzkim homologiem.

Jednym z przykładów, że Dr Vroling dał się wariantu znaleźć w białka zaangażowanego w długim QT u koni, można stosować do przewidywania efektu wariantów w równoważnego białka ludzkiego. Korzystanie duży zestaw sprawdzonych wariantów występujących w zespole długim QT,Czułość wykrywania 3DM było 95% w porównaniu z ~ 65% osiągnięte przez innego standardowego narzędzia, PolyPhen. Potencjał 3DM narzędzie jest jasne, ale czy to może być skalowane do radzenia sobie z kompletem wszystkich białek kodowanych w genomie człowieka okaże się.

Mam umieścić streszczenia na rozmowach popołudniowych w innym poście.