Unele dintre genele noastre lipsesc…dar care cele?

Se poate gândi gene într-un număr de moduri:

1. La nivelul ADN – pur și simplu ca o secvență liniară de nucleotide, o singură comandă fix, în “normal” de stat, sau
2. Din nou, ca o moleculă de ADN, dar amintiți-vă că gene in organisme, mai degrabă decât în ​​bucăți de ADN într-o eprubetă, sunt supuse la variații în persoane diferite, sau
3. A treia cale este de a mări metaforic afară și să se gândească gene din punct de vedere al întregului organism și de variațiile din aceste gene care au dat naștere la variațiile fenotipuri.Variațiile în fenotipul sunt chestii de Darwin, materia primă pe care selecție naturală fabrică.

Am scris în prealabil despre un mouse-ul mic (Numele jargon – Del(13)36H) care a avut pierdut o parte din ea e gene și că această pierdere a fost asociată cu o destul de complicată fenotip, descrise în lucrarea noastră și similare în unele moduri de a oameni care a avut, de asemenea, pierdut o bucată de gene.

Când am studiat mai întâi acest mouse-ul, unul dintre noastre obstacole a fost că am Știam despre numai o puțini de gene care au fost șterse – am fost în primele etape ale genomului secventiere revoluție, atunci când doar biți de mouse (și uman) gene au fost ordonate si gene trasat. Acest lucru a fost important pentru că am vrut să fie în măsură să cross-comparație mouse-ul și umane fenotipuri și în scopul de a face acest lucru, am nevoie să știu dacă gene pierdut în șoarece a avut echivalente în oameni și vice-versa.

Așa, provocarea ne-am confruntat a fost sa găsi aceste dispărut gene. Nu a fost un argument filosofic în curs de desfășurare și tehnice despre cel mai bun mod de a găsi gene de secventiere ADN, care pot fi împărțite în două lagăre – cele mappers și improvizatori. De cartografi a luat o hartă Primul, Abordarea târziu secvență și improvizatori preferat pentru prima secvență, Harta a Verificați ordinea târziu.

Am căzut în prima tabără – astfel primul nostru loc de muncă a fost de a construi o harta întreaga regiune șterse în mouse-ul nostru mici. Dar cum a face tu a construi o harta a unui “invizibil” peisaj?

Evident, prin a cere ceea ce este prezenta în normal șoareci și absent în nostru soareci mici – Acest lucru a fost mai dificil, pentru că soareci care au moștenit cromozomii șterse de la ambii părinți au nu supraviețui mult dincolo de implantare. Am avut de a construi harti folosind soareci care fie au unul sau doua copii ale genelor relevante, mai degrabă decât situația simplă a două copii sau nici unul. Aceasta poate veni ca o surpriză faptul că este mult mai dificil să răspundă la întrebarea – avem una sau două mai degrabă decât două sau nici unul? Cu toate acestea, am construit o hartă, și în ciuda ceea ce am scris mai sus, noi ordonate părți din hartă așa cum ne-am dus de-a lungul, mai degrabă decât să așteptați până când am avut conturul complet din peisaj determinat. Așa, am fost cartografierea părți ale peisajului și o dată am fost siguri de faptul că o parte, trimite-l pentru secventierea. De îndată ce secvențele de ADN au fost returnate, the gene îngropat în secvența erau neacoperit și încet, un harta gena complet a fost cusute împreună. Noi de obicei urmate de gena automate “adnotări” cu control manual și de verificare pentru erori, care am crezut furnizat un aur harta gena Standard.

Deci, ceea ce am găsit?

Bine, sa dovedit că 236 gene au fost eliminat în mouse-ul nostru mici, plus, de asemenea, 95 “pseudogenes” – gene cu funcții incerte – fie că sunt lipsite de importanță în mouse-ul de zi, dar poate acționa ca material pentru selectarea evolutive sau au poate reglementa alte gene? Dintre gene care am putea recunoaște, unul dintre lucrurile cele mai notabile a fost că au existat mai multe grupuri de gene care a arătat un nivel ridicat de similitudine între ele – ei aparțineau familii de gene. Când am comparat aceste familii de gene pentru a echivalentele lor umane, Principala surpriza a fost că dimensiune de familie ar putea fi foarte diferit. O familie de trei gene care codifică proteine ​​implicate în comutație alte gene și oprirea (Regulamentul gena) a fost aproape identic în șoarece și uman – în timp ce o altă familie, face proteine că interacționează cu feromoni implicat în alegerea partenerului, a fost de cinci ori mai mare în numărul din șoareci decât la om. Într-adevăr, genele interacțiune feromoni umane apărut nefuncționale; acestea au fost “pseudogenes”. Poate că nu ar trebui să fie atât de surprins de acest lucru atunci când ne gândim despre diferențele în comportamentul de împerechere dintre soareci si oameni…

Tema generală rezultată este de polarizare – regiune eliminat conține gene care sunt foarte asemănător cu uman gene și alții care pot nu au funcțională echivalente umane. Dar pentru a face cu adevărat sens al listei de gene șterse în mouse-ul nostru mic si este relevanta pentru fenotipuri umane sau patologie, avem nevoie să înțelege ce aceste gene de fapt, nu?

Și că este o poveste pentru o altă zi. Tweet to @pauldennyuk