Některé z našich genů chybí…ale ty, které?

Jeden může myslet geny v mnoha ohledech:

1. Na úrovni DNA – jednoduše jako lineární sekvence nukleotidů, v jednom pevném pořadí, v “normální” stav, nebo
2. Opět jako molekuly DNA, Ale nezapomeňte, že geny v organismech, spíše než na kousky DNA ve zkumavce, se mohou měnit u různých jedinců, nebo
3. Třetím způsobem je obrazně oddálit a přemýšlet o genů z hlediska celého organismu a rozdíly v těchto genů, které vedou k rozdílům v fenotypy.Změny v fenotypu jsou věci z Darwin, suroviny, na které přirozený výběr práce.

Napsal jsem dříve o malá myš (žargon jméno – Del(13)36H) , který měl ztracený některé z nich to geny a že tato ztráta byla spojena s poměrně složitá fenotyp, je popsáno v naší práce a podobné v některých způsobech, jak lidé , který měl také ztracený kus geny.

Když jsme se poprvé studoval tuto myš, Jeden z našich úskalí bylo, že jsme Věděl asi jen málo of geny , který byl odstraněn – jsme byli v raných fázích sekvenování genomu revoluci, kdy jen kousky myší (a lidské) genomy byly seřazeny a geny zmapoval. To bylo důležité, protože jsme chtěli být schopni křížovému porovnání myší a lidské fenotypy a aby k tomu, potřebovali jsme vědět, zda geny prohrál v myš měl ekvivalenty v lidé a naopak.

Tak, Výzvou, které čelí, je, aby najít ty chybějící geny. Tam byl pokračující filozofické a technické argument o nejlepší způsob, jak najít geny, DNA sekvenování, , které mohou být rozděleny na dva tábory – Mapovače a improvizátorů. Mapovače vzal Mapa First, Sekvence Později přístup a improvizátorů raději sekvenci první, Mapa Kontrola sekvence později.

Zamilovali jsme se do prvního tábora – takže náš první úkol bylo vytvořit mapu v celém regionu odstraněna v naší malé myši. Ale jak si vytvořit mapu “neviditelný” krajina?

Samozřejmě, by se ptát, co je předložit v normální myši a nepřítomný v našem malé myši – bylo to o to obtížnější, protože myši, které zdědil odstraněny chromozomů od obou rodičů bylo nepřežije mnohem dále než implantace. Museli jsme vytvořit mapy pomocí myši, které měly buď jednu nebo dvě kopie příslušných genů spíše než jednodušší situaci dvou kopiích nebo žádný. To může přijít jako překvapení, že je těžké odpovědět na otázku, – máme jeden nebo dvě raději než dvě nebo nikdo? Nicméně, jsme vybudovali mapu, a to i přes to, co jsem psal výše, my sequenced části mapy jak jsme jeli spolu, spíše než čekat, až jsme měli kompletní obrysy stanovené krajiny. Tak, jsme byli mapování částí krajiny, a jakmile jsme byli přesvědčení o té části, zaslání ho k sekvenování. Jakmile je DNA sekvence byly vráceny, the geny pohřben v pořadí byly odkrytý a pomalu, a kompletní gen mapa byl šil spolu. Běžně navázala automatické gen “anotace” s ručním inspekce a kontroly chyb, které jsme se domnívali, dodává zlatý standard gen mapu.

Takže to, co jsme zjistili?

Dobře, se ukázalo, že 236 geny byly vypouští v naší malé myši, a také 95 “pseudogenes” – geny s nejistými funkcí – buď jsou nedůležité do obývacího myši, ale možná působit jako materiál pro evoluční selekcí, nebo se mohou regulovat další geny? Z genů, které bychom mohli uznat, jeden z nejnápadnějších věcí bylo, že tam bylo několik shluky genů který ukázal, vysokou úroveň podobnosti mezi sebou – patřily genové rodiny. Když jsme porovnali tyto genové rodiny, aby jejich lidských ekvivalentů, Hlavním překvapením bylo, že velikost of rodina může být velmi odlišné. Jedna rodina ze tří genů kódujících proteiny zapojené do zapnutí další geny a vypnutí (regulace genové exprese) byl téměř totožný v myš a člověk – zatímco jiný rodina, dělat bílkoviny že interakci s feromony podílí na výběru partnera, byl pětkrát větší v řadě u myší než u lidí. Opravdu, lidské geny feromonové interakce se objevily nefunkční; byli “pseudogenes”. Možná, že bychom neměli být tak překvapená, když si myslíme, že o rozdílech v chování párování mezi myší a lidí…

Hlavním tématem, který se objevil je polarizace – odstraněna oblast obsahuje geny , že jsou velmi podobný lidskému geny a ostatní , které mohou ne mají funkční lidské ekvivalenty. Ale opravdu smysl seznamu genů odstraněných v naší malé myši a je to relevantní pro lidské fenotypy nebo patologie, musíme porozumět co ty geny vlastně dělat?

A to je příběh pro jiný den. Tweet to @pauldennyuk