Spostamento di sequenziamento di nuova generazione in Clinica

In un giorno glorioso (ma con artico-come i venti!) all'inizio di questa settimana, Ho partecipato ad un simposio sulla NGS sfruttano nella diagnostica genetica clinica:

Off per # Ngs2013 oggi al Wolfson College di Oxford http://t.co/SbWrGx8weI #NGS #Clinica #Dx #diagnostica #personalisedmed Dovrebbe essere buono

— Paul Denny (@ Pauldennyuk) Marzo 12, 2013

I relatori sono stati i medici, bioinformatici e ricercatori biomedici; un buon mix. Gli organizzatori hanno ottenuto le cose fuori ad un buon inizio e il keynote relazione è stata tenuta da:

Dr. Anneke Venditore, Direttore Laboratori di Genetica, Oxford NHS trust

“Trasformare test genetici nel NHS: l'applicazione di prossima generazione sequenziamento per la diagnosi di malattie mendeliane”

Dr venditore ci ha guidato lungo una linea temporale dello sviluppo di test genetici nella regione di Oxford SSN, notando che i loro metodi principali sono concentrate su piccoli pannelli di geni digitati o sequenziamento Sanger o una delle piattaforme NGS. Ha spiegato come la diagnosi delle varianti causando cardiomiopatia ipertrofica (HCM) si è spostato da utilizzare denaturazione HPLC su alta risoluzione analisi della curva di melting e ora a Haloplex PCR e la piattaforma Illumina MiSeq. Uso NGS aumentati sensibilità clinica o “resa diagnostica” and when combined with control population data, miglioramento della classificazione delle varianti trovato in HCM, rendendo più facile definirli come “non classificati” piuttosto che come “probabile patogeno”.

The Oxford Clinical Genetics Labs convalidare varianti utilizzando sequenziamento Sanger, ma piano per fermare questo presto. Guardando al futuro, il loro obiettivo era quello di utilizzare il sequenziamento di interi exomes per aumentare il tasso di successo nella ricerca di varianti causali. Dr venditore ha sottolineato la necessità di introdurre una migliore bioinformatica, piuttosto che a lottare con i dati in fogli di calcolo Excel. Infine, ha proposto che era essenziale che il NHS trasformate test genetico clinico dalla diffusa introduzione di NGS.

Elliott Margulies, Illumina da UK, ha parlato:

“Sequenziamento dell'intero genoma e analisi per la Clinica”

Dr Margulies ha introdotto la piattaforma di sequenziamento Illumina brevemente e poi ha parlato di alcuni recenti sviluppi tecnici tra cui:

• la capacità di utilizzare campioni di dimensioni più piccole come fonti di DNA, e.g. paraffina fissati in formalina incorporato tessuti
• un allineamento del software open-source e uno strumento di chiamata variante, ISAAC
• un formato di file modificato per le varianti di sequenza, chiamatogVCF.
• uno strumento per facilitare il filtraggio più facile di un elenco di varianti di sequenza del DNA, provvisoriamente chiamato iAFT.

Isaac è affermato di essere in grado di allineare e chiamare le varianti di una sequenza dataset intero genoma di circa 24 ore, se viene eseguito su un 12 informatica di base con 64 Gb di RAM.

Lo strumento di filtraggio variante ha una interfaccia utente grafica e si basa su open-source basi pe. il Ensembl VEPe usa i dati provenienti da varie fonti, compresa la Progetto di variante Exomee si chiama provvisoriamente iAFT. Con questo strumento riduce l'entità del problema di trovare varianti causali, ma quando interrogato da un membro del pubblico, Dr Margulies sottolineato che, in ultima analisi, l'ultima decisione è ancora la responsabilità del medico.

Guardando al futuro, Elliott Margulies predetto una clinica “ecosistema” iniziare con l'assunzione di un campione di DNA alla nascita, proprio come l'attuale tallone-prick prelievo di sangue, utilizzato per sequenziamento dell'intero genoma, seguito alcuni individui con sequenze exome e collegati con una cartella medica elettronica mantenuto per tutta la vita.

Il terzo relatore della sessione del mattino è stata Matteo Addis, da Arkivum:

“Gestire la conservazione e l'accesso dei dati di genomica”

Ci hanno presentato con alcuni racconti salutari e divertenti di una perdita di dati e poi Matteo Addis spiegato l'approccio scrupoloso e rigoroso che Arkivum prendere per garantire che i loro clienti hanno sempre una copia di backup. Copie fisiche in più posizioni e controlli regolari sulla integrità dei dati sono aspetti chiave del sistema, tra cui anche una copia di backup conservata da un terzo, in deposito a garanzia.

Nell'ultimo discorso della mattina, Bas Vroling, da Bio-Prodict, ha parlato:

“3DM: L'integrazione dei dati e di nuova generazione previsioni effetto variante”

Utilizzando modelli proteici 3-dimensionali per ogni proteina in una superfamiglia come punto di partenza, Bio-Prodict hanno costruito uno strumento che integra le fonti di dati multiple per, o così dicono, inferire l'effetto funzionale di varianti di sequenza. L'aspetto piacevole di questo approccio è che i modelli 3D di proteine ​​da non-umani possono essere usati per dedurre l'effetto delle varianti nel omologo umano.

Un esempio che Dr Vroling dato è stata di una variante trovato in una proteina coinvolta nella sindrome del QT lungo nei cavalli potrebbe essere utilizzato per prevedere l'effetto di varianti nella proteina umana equivalente. Utilizzo di un grande insieme di varianti convalidati trovati nella sindrome del QT lungo,la sensibilità di rilevazione di 3DM era 95% rispetto al ~ 65% raggiunto da un altro strumento standard, PolyPhen. La potenzialità dello strumento 3DM è chiaro, ma se può essere scalata a far fronte a un set completo di tutte le proteine ​​codificate nel genoma umano resta da vedere.

Ho messo le sintesi per i colloqui pomeridiani in un altro post.