Análise de caminho de dados de expressão gênica – redução da fertilidade masculina / esterilidade

Um grupo de animais que podem se reproduzir e produzir descendentes férteis é uma das definições de uma espécie.

Isto significa que os mecanismos biológicos de fertilidade e infertilidade são de interesse não só para os biólogos evolucionistas, mas também para os médicos e, claro, para o público em geral. No Instituto de Genética Molecular em Praga, Prof. Jiri Forejt está estudando o que controla a fertilidade na prole híbrido produzido pelo cruzamento de rato sub-espécies. Ele queria saber por que alguns camundongos machos eram inférteis - ele sabia que os genes em uma região do genoma especial foram importantes, mas não o modo como esses genes influenciou a expressão do resto do genoma.

Aqui é onde eu foi recrutado para a equipe, para ajudar a identificar as classes de genes interrompidos em camundongos com fertilidade reduzida. Cientistas em seu grupo tinha produzido resultados de expressão de genes Affymetrix dos testículos de fértil, ratos sub-férteis e inférteis e eu analisamos estes dados do genoma de transcritos diferencialmente expressos-. Usando o Broad Institute maravilhosa AGEE ferramenta, I avaliou a evidência estatística de que os termos específicos do gene Ontologia e caminhos estavam sobre-representados e também se os genes diferenciais foram localizados em regiões do genoma particulares. Esta análise descobriu evidências de que específica, conjuntos funcionalmente relacionados de genes eram sobre-representados nos dados de expressão e ajudou a desenvolver novas hipóteses sobre as causas da redução da fertilidade.