Pathway analisi dei dati di espressione genica – riduzione della fertilità maschile / sterilità

Un gruppo di animali che possono allevare e produrre prole fertile è una delle definizioni di una specie.

Ciò significa che i meccanismi biologici di fertilità e infertilità sono di interesse non solo per i biologi evoluzionisti, ma anche per i medici e, naturalmente, al grande pubblico. Presso l'Istituto di Genetica Molecolare a Praga, Prof.. Jiri Forejt sta studiando ciò che controlla la fertilità nella prole ibrida prodotta dalla accoppiamento del mouse sottospecie. Voleva sapere perché alcuni topi maschi erano sterili - sapeva che i geni in una regione del genoma particolare sono stati importanti, ma non come quei geni influenzato l'espressione del resto del genoma.

Questo è dove sono stato reclutato nel team, per aiutare ad identificare le classi di geni alterati nei topi con ridotta fertilità. Gli scienziati del suo gruppo aveva prodotto Affymetrix risultati di espressione genica dai testicoli di fertile, topi sub-fertili e non fertili e ho analizzato questi dati genome-wide per trascritti differenzialmente espressi. Utilizzo del Broad Institute di meraviglioso GSEA strumento, Ho valutato l'evidenza statistica che termini specifici Gene Ontology e percorsi sono stati sovrarappresentati e anche se i geni differenziali sono stati localizzati a particolari regioni del genoma. Questa analisi emersi elementi che specifica, insiemi funzionalmente connesse di geni erano sovra-rappresentati nei dati di espressione e ha contribuito a sviluppare nuove ipotesi circa le cause della riduzione della fertilità.